ーの性格もまた規定されていくことになる。たとえば、かつてはサーバーやワークステーションは別種のコンピューターとして設計されるのが普通であったが、近年ではＰＣと同じパーツを使って、マザーボードの選択と拡張ボードや外部装置の組み合わせでそうした性格付けがなされることが多い。それどころか、スーパーコンピューターでさえ、現在の多数派はＰＣを多数台並列動作させるクラスタ計算機である。

　このようにＣＰＵ、メモリと並んでＰＣの三大重要部品と言って良いマザーボードであるが、選択するCPUによって搭載できるマザーボードが限られるので同時購入の際は、事前に店員に確認しておく方が無難である。また、マザーボードによっては（特に古いマザーボードの場合）、物理的にCPUが合致してもBIOSが対応せず、動作不能に陥る場合がある。

　BIOSとは、コンピューターを始動させて最初に読み込まれるプログラムであり、ＣＰＵの認識、メモリのチェック、データの入出力を中心とした機器類をいつでもデータ処理可能な状態にもっていくのが重要な機能である（ファームウェアと呼ばれることもあるが、逆に言うと、コンピューターの制御がＯＳに渡されると、BIOSの出る幕はほとんどない）。したがって、ＣＰＵとマザーボードが物理的に接続可能であっても、BIOSが対応していないと動作しない場合もあるし、BIOSの更新によって新たなＣＰＵへの対応がなされたり、新たな機能が追加されることもある。また、パソコンの起動画面でdelキーやＦ２キーを押下することでBIOS設定画面に移行させ、機能のon/offや各種の機能設定（たとえば、ＨＤＤや光学ドライブなど、どの外部記憶装置から起動させるか）を行うこともできる（ただし、完成品として販売される大手メーカー製パソコンの場合、この設定機能をほとんど停止させてユーザーによる誤設定が原因となるトラブルを未然に回避しようとするものが多い）。

　特に、BIOSを更新しないと新しいＣＰＵが動作しないという場合、いったん古いCPUでBIOSを更新してから新CPUを搭載する必要があるが、BIOSの書き換えはかなり大きなリスクを伴う。すなわち、BIOSはマザーボード上のフラッシュROMと呼ばれるＩＣに格納されるのが普通だが、更新中に不意に電源が遮断されたり（誰かがコードにひっかかって電源コードが抜ける、といったトラブル）、停電したりすると、復旧不能になることも少なくない。このような場合、フラッシュROMライターでBIOSを書き換える、という人もいるがとうてい一般的な方法ではなく、結局の所、マザーボード交換しか選択肢がないことが多い。